Yhteinen kirkkovaltuusto on koko Helsingin seurakuntayhtymän ylin päättävä elin. Se päättää muun muassa kirkollisveron suuruudesta, toiminta- ja taloussuunnitelmasta sekä kirkkojen rakentamisesta ja korjaamisesta. Valtuustossa on 91 vaaleilla valittua valtuutettua. Paikat jakaantuvat seurakuntien jäsenmäärään suhteutettuna.

Kirkkovaltuuston puheenjohtajana 2023–2024 toimii Wiking Vuori ja varapuheenjohtajana Christoffer Perret.

Yhteisen kirkkovaltuuston jäsenet toimikaudella 2023–2026 ovat: